Avec les transports, le logement est ce qui coûte le plus cher au Japon. Les possibilités d'hébergement à prix élevé ne manquant pas, signalons plutôt les possibilités d'hébergement à prix moins élevé (même si ça reste cher). À noter qu'au Japon, les périodes de vacances sont des périodes de très grande affluence. Il peut arriver qu'il n'y ait plus un seul lit de libre dans toute la ville. Si vous voyagez durant un période de vacances (au Japon, pas les vôtres de vacances) réservez bien à l'avance. Prenez garde aux festivals qui peuvent transformer une ville ordinaire en essaim de touristes.

Appartement & Gaijin house (logements à long terme)

Auberges de jeunesse :
En comparaison internationale, les auberges de jeunesse nippones sont propres, sûres et sympathiques. Vous devez être membre d'une fédération d'auberges de jeunesse pour y loger. Il est fortement conseillé de devenir membre de votre fédération nationale avant d'aller au Japon (c'est moins cher et plus facile administrativement parlant).
Les prix s'échelonnent de 2400 yens à 5000 yens. Il y a en effet différentes classes d'auberges de jeunesse. Du dortoir à la chambre d'hôte semblable (voire meilleure) que celle d'un hôtel.
Désavantages : le temps de séjour est limité dans les auberges de jeunesses (impossible d'y loger à long terme), elles sont parfois loin du centre ville (perte de temps et dépenses en bus, train, etc.).
Avantages : il règne souvent une bonne ambiance, c'est un bon moyen de rencontrer des Japonais. Elles sont parfois dans des bâtiments ou des lieux tout à fait magnifiques. En général, le petit-déjeuner et le dîner peuvent être pris à l'auberge moyennant un supplément de prix.
Le site des Auberges de jeunesse nipponesvous renseigne.

"Business hotels" :
Les "business hotels" sont des hôtels fonctionnels et simples "juste pour dormir". Pas de luxe excessif. On peut en trouver à partir de 4000 yens (pour une chambre simple), mais le prix moyen est en général de 6000 yens. Ils sont en général localisés près des centres urbains. On les reconnaît à leur allure peu engageante (genre caserne) et à leurs noms souvent en katakana (et très poétiques et ensoleillés "sunshine hotel", "sunflower hotel", etc. ;-). Si on fouine un peu dans les petites rues qui ne paient pas de mine aux environs des gares, on peut trouver les moins chers d'entre eux. Soyez prêts à des chambres petites. Il y a juste la place pour un lit et une minuscule salle de bains toilettes dans son cube préfabriqué en plastique. À noter que les chambres pour 2 sont à peine plus grandes que celles pour 1. Mieux vaut donc s'aimer beaucoup. Notez que l'heure de départ (check-out) dans les hôtels japonais est en général 10 heures ou 11 heures et que l'heure d'arrivée (check-in) est 3 heures ou 4 heures.
Le numéro 5 des "Chroniques nippones" donne quelques renseignements sur les hôtels en tous genres.

Shukubo :
Surtout à Kyoto et environs, il existe des possibilités de loger dans des temples. Toutes les catégories de prix existent. Parfois on doit participer à une partie des cérémonies religieuses. En général, les repas sont exclusivement végétariens. Pour trouver des adresses de Shukubo, réclamez à l'office du tourisme de Kyoto la liste de ces endroits (il en existe une).

Minshuku / Ryokan :
Il s'agit là de logements de type japonais. Le sol est recouvert de tatamis et on dort sur un futon que l'on tirera d'une armoire. Dans cette catégorie existent des établissements terriblement luxueux et raffinés ou le prix d'une nuit atteint des sommets. On trouve cependant leur contraire. Des établissements ou une petite chambre est louée pour environ 4000 yens. Les établissements de catégorie moyenne ou élevée offrent le petitdéjeuner et le dîner (tout est inclus dans le prix de base) tandis que les établissements bon marché n'offrent que la chambre. Certains louent la chambre à un prix fixe (qu'on y soit seul ou à deux). Soyez prêts là encore à des chambres de petite taille et à chercher parfois longtemps l'emplacement de l'auberge. Je me souviens avoir cherché deux heures le ryokan ou je logeais pour ma première nuit à Kyoto. Il était dans une rue si étroite que j'étais passé plusieurs fois devant (la rue) sans remarquer que c'était une rue. Le Ryokan était lui aussi très étroit. En prenant possession de ma chambre, j'ai cherché à ouvrir le store de la fenêtre (il faisait très noir). Après quelques minutes de recherches infructueuses je me suis rendu compte que ce que je prenais pour un store était en fait le mur du bâtiment voisin, construit à quelques centimètres du Ryokan. Les Minshuku sont en quelque sorte l'équivalent des "Bed and breakfast" que l'on trouve en Europe. Leurs prix sont souvent raisonnables. Visitez le site de JIG (Japanese Inn Group) pour voir en détail les prix et les détails des Minshuku.