TO
A: to sert à marquer le nom d'un partenaire avec qui une action est entreprise.
Watashiwa tomodachi to Tôkyô e ikimasu./Je vais aller à Tokyo avec un ami.

B: to sert de conjonction de coordination.
Pan to tamago o tabemasu./Je mange du pain et des oeufs.

C: dans une phrase qui compare diverses choses, to indique les objets de la comparaison.
Kôhii to kôcha to, dochira ga ii desu ka ?/ Qu'est-ce que vous voulez, du thé ou du café ?

En résumé on peut dire que to se traduit souvent par "et" ou "avec" (exemples A et B).

YA
Tout comme to, ya est utilisée pour connecter des noms entre eux. La différence est que to énumère tous les noms tandis que ya n'en cite que quelques-uns.
Heya ni beddo ya tsukue ya isu ga arimasu./Il y a un lit, un bureau et une chaise dans la chambre (mais il y a encore plein d'autres choses).
Les noms indiqués par ya sont souvent les plus représentatifs, de ce que l'on veut dire ou expliquer.