E
E est utilisé après un nom qui dénote un lieu, un endroit, etc. Il est suivi d'un verbe de mouvement comme ikimasu, kimasu, kaerimasu, etc. La particule indique la direction du mouvement.
Kyôto e ikimasu./Je vais à Kyoto.

Dans l'exemple ci-dessus, la particule ni, qui indique un point d'arrivée est parfois utilisée.
Kyôto ni ikimasu./Je vais à Kyoto.

NE
A:Ne est placé à la fin d'une phrase pour demander l'accord de l'interlocuteur ou pour anticiper son consentement. (Cette particule ne peut donc pas être utilisée dans un monologue.)
Benkyô wa 9-ji kara 5-ji made desu./La classe est de 9 heures à 5 heures.
Sô desu ka. Taihen desu ne./Ah bon. C'est pénible, n'est-ce pas.
Kireina kôen desu ne./C'est un parc magnifique, n'est-ce pas?
Sô desu ne./Oui, n'est-ce pas.

B: Quand ne est utilisé dans la tournure ii desu ne, il peut impliquer l'acceptation d'une proposition.
Issho ni eiga o mimasen ka./Tu ne veux pas aller voir un film avec moi?
Ii desu ne./Ça paraît bien. (on accepte donc d'aller au cinéma)
Ashita Fujisan e ikimasu./Demain, je vais au Mont Fuji.
Ii desu ne./C'est bien. (c'est comme dans le cas A, puisqu'il ne s'agit pas d'une offre, mais juste d'une affirmation)

C: Quand on utilise sô desu ne dans une réponse à une question, une invitation, une suggestion, etc. cela ne veut pas dire qu'on accepte mais plutôt qu'on réfléchi à ce qui a été dit. Dans ce cas la prononciation du ne est légèrement allongée.
Nihon-go no benkyô wa dô desu ka./Comment est l'étude du japonais?
Sô desu ne. Muzukashii desu ga, omoshiroi desu./Euhhhh.... C'est difficile mais intéressant.