Pour diverses raisons, le shogunat décida de supprimer la religion chrétienne du territoire japonais. En 1622, 55 chrétiens furent exécutés à Nagasaki. Je vous épargne la liste des persécutions suivantes qui firent au moins 3'000 victimes. En 1637-1638 une révolte de chrétiens éclata à Shimabara. Le shogunat décida alors de couper tous contacts avec l'Occident, à l'exception de quelques marchands hollandais de la "Dutch East India Company". Ceux-ci furent confinés à "Dejima". Un îlot artificiel (à cette époque déjà les japonais construisaient des îlots artificiels) construit dans le port de Nagasaki.